Ne ne, so geht das nicht, jedenfalls nicht so einfach. Wie Du das vorhast, müsste entweder ein echter Server laufen oder Du richtest App-V ein (http://de.wikipedia.org/wiki/Microsoft_Application_Virtualization , ist Bestandteil des Microsoft Desktop Optimization Packs (MDOP)), dann werden die Anwendungen "gestreamt". An das MDOP kommst Du aber nicht so ohne weiteres.
Ich würde eher Folgendes empfehlen: lass die Anwendung lokal laufen, aber sag ihr, sie soll die Daten aus dem Netzwerk holen.
Dass sich _nur_ das Remote-Programm öffnet, wüsste ich nicht, aber Du kannst Dir eine RDP-Datei erstellen, so dass die Verbindung automatisch aufgebaut wird und die betreffende Anwendung mitgestartet wird. Wenn sie im Vollbild ist, sieht man den Desktop ja praktisch nicht. Hier ein kleines Tutorial: http://www.edv-lehrgang.de/remote-desktop-sitzung-aufbauen/
Oder Du programmierst eine WinForm-Anwendung, die die Verbindung im Hintergrund aufbaut und das gewünschte Programm zur Verfügung stellt: http://www.wtstek.de/item2/ADC_Tec06.ppt
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Ah, W2k3, nicht übel!
Zur Lösung: Du richtest auf W2k3 einen Terminal-Server ein und installierst darin die Software. Wenn sich dann ein Client verbindet, kann er die Software starten (läuft also auf dem Server) und bedienen (es werden also nur Tastatur- und Mauseingaben zwischen Client und Server ausgetauscht).
Hier ist eine gute Anleitung, zwar für W2k8, sollte aber auch für W2k3 passen: http://openbook.galileocomputing.de/windows_server_2008/windows_server_2008_kap_19_001.htm#mj6d39053ead22e3988ca09e2a466f4ce6
Und hier hab ich noch eine für W2k3 gefunden: http://www.pqtuning.de/server2003/ts/ts.htm
Dann man ran! :-)